「研究成果本所自2003年至2015年發表於國內外學術領域代表性期刊（例如：Hepatology, Free Radical Biology and Medicine, Journal of Cell Science, British Journal of Pharmacology、European Journal of Pharmacology、Journal of Natural Products、Phytochemistry、Journal of Neurochemistry等）之論文已達729篇，每年平均可達50篇以上，並獲致多項中醫藥專利。2015年發表41篇SCI論文，在生物醫學、化學等學門領域期刊排名前10%的共有7篇，影響指數（impact factor）大於3的共有33篇，顯示本所全體研究人員的克盡職責與卓越績效。

      此外，本所出版品《中醫學史》榮獲衛生福利部104年度出版品圖書類優良獎第1名、《日治時期(西元1895-1945)の臺灣中醫》榮獲行政院文化部優良政府出版品評獎「第四屆國家出版獎」入選獎，以及數位課程「臨床常見疾病(症候)的中醫觀點—預防與衛教」等成果亦頗獲好評、著有成效。