組織說明如下：

依本所組織法及處務規程規定，設中醫藥基礎研究組、中醫藥臨床研究組、中藥化學研究組、中藥材發展組、中醫藥典籍組等5個研究組，及秘書室、主計機構、人事機構等3個輔助單位。目前行政院核定本所預算員額42人，置所長1人、研究人員與公務人員共34人、聘用人員5人、技工及駕駛2人。

組織架構如下圖：