民國23年 

立法院通過國立中醫研究院組織條例

民國26年至抗戰期間

由經利彬為第一任國立中國醫藥研究所所長 (1958年在台逝世)

(鎮所之寶 植物考據學的濫觴之作:  本所1945年出版   滇南本草圖解 。編著 :  經利彬、吳徵鎰、匡可任、蔡德惠)

陳立夫為滇南本草圖譜作序。

民國45年 3月

立法院第11次院會通過中醫藥教育法案：設置中醫學校及成立研究機構。

教育部決議恢復國立中國醫藥研究所，先設籌備委員會。

民國46年

於台北市南海路獻堂館，成立中國醫藥研究所籌備處。

民國52年 10月22日 

正式成立「國立中國醫藥研究所」，由李煥燊教授任所長。

民國68年 4月

由劉國柱先生接任所長。

民國77年 4月

由陳介甫教授接任所長。

民國84年 1月17日

本所組織條例在立法院完成三讀通過。業奉總統於84年元月28日華總(一)義字第0645號令公布實行。

民國93年 2月

由教育部吳聰能主任秘書兼代理所長。

民國93年 8月

由國立成功大學吳天賞教授接任所長。

民國96年 8月

由中央研究院李德章教授接任所長。

民國98年 10月

由國立陽明大學傳統醫藥研究所黃怡超教授接任所長。

民國102年 7月23日

「國立中國醫藥研究所」改隸到  衛生福利部 更名為  「衛生福利部國家中醫藥研究所」

「衛生福利部國家中醫藥研究所組織法」業經行政院102年7月10日院授研綜字第1022260532號令，定自102年7月23日施行。

民國103年 4月8日

由衛生福利部中醫藥司黃怡超司長接任代理所長。

民國105年 2月1日

由臺灣大學藥學專業學院院長顧記華教授接任所長。

民國107年 2月1日

由高雄醫學大學天然藥物研究所張芳榮教授接任所長。

民國109年 2月20日

由中國醫藥大學中醫學系蘇奕彰教授接任所長。