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1 . 關於本所
      1-1 . 施政目標
      1-2 . 組織編制
      1-3 . 法令規章
      1-4 . 簡介影片
      1-5 . 所長的話
2 . 行政單位
      2-1 . 主任秘書
      2-2 . 秘書室
            2-2-1 . 法規宣導/釋例
      2-3 . 主計單位
            2-3-1 . 公告事項
            2-3-2 . 法令規章
            2-3-3 . 服務團隊
            2-3-4 . 相關連結
            2-3-5 . 內部控制制度共通性作業範例
            2-3-6 . 會計業務暨內部審核作業程序
      2-4 . 人事單位
            2-4-1 . 公告事項
            2-4-2 . 退休服務專區
            2-4-3 . 公教志工專區
            2-4-4 . 國民旅遊卡
            2-4-5 . 終身(數位學習)
            2-4-6 . 公務人員閱讀專區
            2-4-7 . 人權、兩公約與性別主流化宣導專區
            2-4-8 . 網路諮商服務
            2-4-9 . 組織改造專區
            2-4-10 . 政風專區
            2-4-11 . 相關人事法規
            2-4-12 . 研究人員升等專區
            2-4-13 . 人事表單下載
            2-4-14 . EAP員工協助方案專區
3 . 政府資訊公開
4 . 儀器設備
5 . 研究單位
      5-1 . 研究組別介紹
      5-2 . 研究人員一覽
      5-3 . 材料移轉辦公室
      5-4 . 智財技轉中心
      5-5 . 中醫藥基礎研究組
      5-6 . 中醫藥臨床研究組
      5-7 . 中藥化學研究組
      5-8 . 中藥材發展組
      5-9 . 中醫藥典籍組
      5-10 . 發表文章一覽
      5-11 . 退休人員一覽
6 . 臺灣中醫藥發展歷程
      6-1 . 臺灣中醫藥發展歷程及重要事件
      6-2 . 臺灣醫療事件簿動畫
      6-3 . 「一代大醫 黃玉階」紀錄片
7 . 標本館
8 . 教學藥園
      8-1 . 藥園特色
      8-2 . 入園申請
      8-3 . 標本、圖鑑、研究庫
      8-4 . 藥園活動剪影
9 . 中醫藥雜誌
      9-1 . 各期雜誌
      9-2 . 投稿需知
      9-3 . 全文搜索系統
10 . 政府網站資料開放宣告
11 . 中醫藥研究捐款專區
12 . 本所出版品
      12-1 . 國家中醫藥研究所年報
      12-2 . 線上學習資源
13 . 中醫藥研究捐贈款