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1 . 關於本所
      1-1 . 施政目標
      1-2 . 組織編制
      1-3 . 法令規章
      1-4 . 簡介影片
      1-5 . 所長的話
2 . 行政單位
      2-1 . 主任秘書
      2-2 . 秘書室
            2-2-1 . 法規宣導/釋例
      2-3 . 主計單位
            2-3-1 . 公告事項
            2-3-2 . 法令規章
            2-3-3 . 服務團隊
            2-3-4 . 相關連結
            2-3-5 . 內部控制制度共通性作業範例
            2-3-6 . 會計業務暨內部審核作業程序
      2-4 . 人事單位
            2-4-1 . 公告事項
            2-4-2 . 退休服務專區
            2-4-3 . 公教志工專區
            2-4-4 . 國民旅遊卡
            2-4-5 . 終身(數位學習)
            2-4-6 . 公務人員閱讀專區
            2-4-7 . 人權、兩公約與性別主流化宣導專區
            2-4-8 . 網路諮商服務
            2-4-9 . 組織改造專區
            2-4-10 . 政風專區
            2-4-11 . 相關人事法規
            2-4-12 . 研究人員升等專區
            2-4-13 . 人事表單下載
            2-4-14 . EAP員工協助方案專區
3 . 研究發展
      3-1 . 研究成果
      3-2 . 歷年研究計畫
4 . 圖書館
5 . 標本館
6 . 中醫藥雜誌
7 . 本所出版品
      7-1 . 國家中醫藥研究所年報
      7-2 . 線上學習資源
            7-2-1 . 臨床常見疾病(症候)的中醫觀點—預防與衛教
            7-2-2 . 認識中草藥
            7-2-3 . 臺灣本草行
            7-2-4 . 食療養身
            7-2-5 . 中西醫病名對照大辭典
            7-2-6 . 健康資訊網
8 . 活動剪影
9 . 政府資訊公開
10 . 儀器設備
11 . 研究單位
      11-1 . 研究組別介紹
      11-2 . 發表文章一覽
      11-3 . 研究人員一覽
      11-4 . 研究專長一覽
      11-5 . 材料移轉辦公室
      11-6 . 智財技轉中心
      11-7 . 中醫藥基礎研究組
      11-8 . 中醫藥臨床研究組
      11-9 . 中藥化學研究組
      11-10 . 中藥材發展組
      11-11 . 中醫藥典籍組
12 . 臺灣中醫藥發展歷程及重要事件
13 . 國家藥園暫停服務