歷任所長
| 任次 | 姓名 | 就職時間 | 卸任時間 | 備註 |
|---|---|---|---|---|
| 國立中國醫藥研究所時期 | ||||
| 1 | 經利彬 | 1937年 | 國民政府時期在大陸 | |
| 2 | 李煥燊 | 1963年10月 | 1979年4月 | 1963年在台灣復所 |
| 3 | 劉國柱 | 1979年4月 | 1988年4月 | |
| 4 | 陳介甫 | 1988年4月 | 2004年1月 | |
| 5 | 吳天賞 | 2004年8月 | 2007年8月 | 2004年2-7月由教育部吳聰能主任秘書代理所長 |
| 6 | 李德章 | 2007年8月 | 2009年10月 | |
| 7 | 黃怡超 | 2009年10月 | 2013年7月 | |
| 國家中醫藥研究所 | ||||
| 黃怡超 | 2013年7月 | 2016年2月 | ||
| 8 | 顧記華 | 2016年2月 | 2018年2月 | |
| 9 | 張芳榮 | 2018年2月 | 2020年2月 | |
| 10 | 蘇奕彰 | 2020年2月 | 現任 | |
